Для Eclipse есть плагин для работы с Qt, в NetBeans тоже какая-то поддержка Qt есть. В IntelliJ IDEA и NetBeans нет поддержки пролога и ассемблера, на сколько я смог определить по директории плагинов. Для эклипса плагин для пролога точно есть, правда хз на сколько он удобен. а в остальном, наверное дело вкуса и привычки.