Надо проверить HDD при подключении к компу напрямую.Проблема часто возникает из-за "нехватки" питания внешнего диска,кабель тонкий экономия на меди-потери ,а с возрастом HDD ток потребления возрастает вот и будут "просадки" и симптомы описанные вами.
Я переделал пару питающих кабелей USB-miniUSB на "потолще" сразу,надёжнее,ибо массивы большие.